La ecografía morfológica permite identificar un alto porcentaje de malformaciones anatómicas visibles. En general se pueden detectar en torno al 70-90% de las malformaciones. Sin embargo, no puede detectar todas las enfermedades, especialmente aquellas de origen genético o metabólico que no presentan alteraciones estructurales. Algunas patologías pueden manifestarse más adelante en el embarazo, y otras pueden no ser detectables mediante ecografía.

Existen factores que pueden influir en la calidad del estudio ecográfico como pueden ser la posición del bebé en ese momento (en ocasiones, si el bebé no está bien colocado, puede ser necesario esperar unos minutos o repetir parte del estudio para completar la valoración), la cantidad de líquido amniótico o algunas características maternas (obesidad, cicatrices abdominales, presencia de miomas, etc.) que dificultan la correcta visualización de los órganos del feto.